托尼借助了古一的魔法,和众人一起联手,击杀了黑暗史蒂芬,奥丁因为神力耗尽而陨落,主角和老年美队以及洛基打赢复活赛。
主角获得奖励蜘蛛侠专属的魔法知识,获得魔法召唤小蜘蛛,和灭霸学习了部分格斗技巧,随后再次回归,并重伤了犀牛人。
众人找到失踪的蜘蛛侠们,以及克隆体巴基,主角召唤了魔法蜘蛛,得到魔法的力量,并消灭变异的巨型蜘蛛巴基。
主角被猫女以及蜥蜴博士盯上,接着把犀牛人送进监狱,又开始带着小蜘蛛吸收蜘蛛侠们体内残余的变异细胞。
奥拓教授的机械手臂被偷走,主角一路跟踪,和科特教授交手,并得知他变成蜥蜴人的由来,以及见到了金并,并同意帮金并找东西。
主角和猫女合作,拿到了时光之碑,接着主角被金并抓走,猫女出现,神盾局和金并手下大战。
梅姨和本叔出现,救了主角,随后主角以蜘蛛侠身份出击,接着本叔梅姨都被时光之碑影响,变得年轻,金并变成婴儿。
蜘蛛杀手自爆,主角被基因破坏者击杀,随后带着卡特和猫女一起打第五次复活赛。
这次的地点是格温蜘蛛宇宙,任务是毁灭或者拯救世界,是阵营任务,主角属于中立队。
主角开局就快速消灭绿魔和黑曜四将,接着发现这是一场阴谋,随后将九头蛇队长等人一网打尽,又从金并口中得知情报。
动物宇宙的雷神托尔出现,接着格温的同学出现,主角被淘汰,蜘蛛基因毒抗+1%。
主角重开,通过多次重开发现辛迪身上有针对蜘蛛侠的病毒,发现这是一场针对蜘蛛侠的阴谋。
主角通过叠毒抗,终于见到幕后黑手蝰蛇,得知了世界毁灭的危机,就是一场传播全世界的蜘蛛病毒,蝰蛇夫人的病毒是针对超能力者的。
主角阻止佣兵,让猫女和蜥蜴彼得带队,随后终于找到胜利的办法,把奎蛇夫人变成蜘蛛侠,导致她的毒性失效。
复活赛通关,主角获得泰坦之躯的第二阶段,接着复活回归,遇到闹事的绿巨人,成功将其阻止。
主角遇到秃鹫,接着开始交手,因为被时光之碑强化速度,一时间二人打的难解难分。
本帕克和梅姨的超能力再次得到强化,随后主角和卡特以及托尼联手,一起对付秃鹫。
主角被引诱到陷阱,巨型反应堆爆炸,主角借机召唤了电弧小蜘蛛,并且诈死。
人工太阳发布会上,秃鹫出现,主角使用电弧蜘蛛,获得极速力,击败了秃鹫。
尼克弗瑞宣布了雷霆特工计划,随后这个计划所有权被卡特抢走,接着主角开始剿灭九头蛇残余势力。
九头蛇开始行动,他们准备大量生产人工太阳,用来制造黑洞,毁灭世界。
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章鱼博士诞生,快银出现并阻止主角,接着高夫人和蝰蛇夫人登场,紧接着旺达出现,钢铁侠和神盾局也赶来支援。
主角偷袭击杀蝰蛇夫人,又抓住快银来让旺达合作,利用两只小蜘蛛强行提升力量,和章鱼博士大战,接着选择牺牲自己进入复活赛提升力量。
第六次复活赛是在主宇宙进行,可以选择帮助蜘蛛侠或者九头蛇,所有复活赛选手出现在主角所在的宇宙,这次加入了年迈的金刚狼、死侍和失控的X博士,主角身份曝光。
主角的亲朋好友死伤过半,接着很快各地的人工太阳就失控,主角重开,给绿魔注射基因恢复药剂,开始寻找金刚狼等愿意加入自己阵营的队友。
X教授逐渐知晓一切,随后被杀,主角也得到部分重要信息,接着去卡玛泰姬学习魔法,并得知鳄鱼洛基出现,被古一封印了。
主角通过多次重开,找章鱼博士合作,又和古一交流,接着阻止了古一的摸鱼行为,也得知了洛基的王冠可以对精神力超强的人进行反攻。
主角通过重开让托尼和章鱼博士完善了人工太阳,接着做好所有准备,再次重开,直接决战。
主角团击败九头蛇成员,人工太阳计划完成,众人加入九头蛇阵营完成任务,打赢复活赛。